В соответствии с приказом Министерства труда и социальной защиты Российской Федерации от 14 декабря 2016 г. № 729н «Об утверждении порядка осуществления мониторинга и контроля в сфере независимой оценки квалификации», а также локальными актами СПКФР (в том числе утвержденными целевыми моделями по переходу на НОК – дорожные карты ЦБ и Росфинмониторинга) Центры оценки квалификаций взаимодействуют с Советом в рамках установленного регламента. В целях выполнения приказа Минтруда России № 729н СПКФР проводит ежегодные проверки Центров оценки квалификаций. График проверок утверждает Председатель Национального Совета при Президенте Российской Федерации по профессиональным квалификациям А. Н. Шохин.
В соответствии с п. 6 приказа Минтруда России № 729н Центры оценки квалификаций предоставляют ежегодные отчеты.
Для обеспечения функций по мониторингу и контролю Центров оценки квалификаций в СПКФР создана служба внутреннего контроля на базе центрального аппарата СПКФР и региональных представительств. На основании п. 1.3.1. дорожной карты ЦБ разрабатываются рекомендации по методическому обеспечению стандартов проведения оценочных и апелляционных процедур, включая вопросы мониторинга эффективности функционирования ЦОК.